Depuis 1599 et pendant près de 300 ans les montpelliérains ont été soignés dans un hôpital situé à l’intérieur des remparts de la ville, au bas de la rue de la Blanquerie devenue aujourd’hui rue de l’Université.
Le premier hôpital Saint-Éloi était situé dans le faubourg de Lattes, près de l’actuelle rue Clos René et dépendait de la paroisse Saint-Firmin.
Avec la création de l’Hôpital général en 1678, l’hôpital Saint-Eloi perd sa vocation d’hospice pour se consacrer exclusivement aux soins des malades, le plus souvent pauvres puisqu’à cette époque les malades aisés ne fréquentent pas l’hôpital de la ville.
Au XVIIIe siècle, deux étages délimitent trois cours intérieures, bordées de galeries de promenade. Le rez-de-chaussée abrite bureaux, cuisines, réfectoires, pharmacie, buanderie, lingerie, clinique, service mortuaire, service d’autopsie, chapelles et magasins. Les étages sont occupés par les dortoirs.
Le premier service pour aliénés de la ville y est établi dès 1733, sous forme de petites maisons à l’ouest de l’hôpital, avant qu’en 1822 il ne soit transféré à l’Hôpital général.
À la Révolution, le nom d’Hôtel-Dieu est abandonné au profit d’hôpital Saint-Éloi et le rôle de la faculté de médecine devient fondamental dans sa gestion médicale. Les professeurs de la faculté y exercent leur art et y diffusent leur enseignement, permettant la formation d’élèves internes. Il dispose alors de vastes salles communes aménagées sur deux étages, les malades y étant assignés selon les spécialités médicales. L’accueil de militaires blessés est également assuré pendant tout le XVIIIe siècle.
À la fin du XIXe siècle, les nouvelles normes sanitaires poussent la commission administrative à envisager la construction d’un nouvel hôpital. L’hôpital est ainsi transféré en 1890 dans les nouveaux bâtiments construits à l’extrémité du faubourg de Boutonnet, laissant les anciens édifices à la faculté de droit.
