1789 : la Révolution éclate. En 1792 toutes les universités sont supprimées. Le collège de chirurgie ferme ses portes mais les professeurs continuent d’assurer un enseignement clandestin à leur domicile et à leurs frais. L’enseignement sera par la suite supporté financièrement en partie par la municipalité.
Le pouvoir ne tarde pas à s’apercevoir qu’il est nécessaire d’avoir médecins et chirurgiens pour soigner les soldats blessés des armées de la République. Jean-Antoine Chaptal est rappelé par le comité d’instruction publique qui le charge de réorganiser l’enseignement de la médecine en France.
L’installation, en 1795, de l’École de santé dans les bâtiments de l’évêché de Montpellier (anciennement le monastère Saint-Germain-Saint-Benoît) est véritablement un fait “révolutionnaire”.
Jean-Antoine Chaptal fait construire le Theatrum anatomicum, le grand théâtre d’anatomie. Ce dernier accueille les étudiants en médecine, en chirurgie et ceux de l’École des Beaux-Arts pour qu’ils puissent dessiner l’anatomie.
Les soutenances de thèse ont lieu dès lors dans la chapelle de l’évêché, au milieu de grisailles murales évoquant des évêques réformistes. Les professeurs s’habillent et délibèrent dans les appartements de l’évêque, entre des stucs muraux figurant le Christ et Marie !
La bibliothèque universitaire, elle-même en partie issue des fonds révolutionnaires, occupe les salons de réception de l’évêque à l’étage.